Relativamente all'utilizzo ed alla tutela dei corpi idrici sotterranei e superficiali, si fa riferimento alla "carta idrogeologica con rappresentazione delle isofreatiche e della permeabilità delle formazioni geologiche presenti sul territorio ed alla carta della vulnerabilità degli acquiferi". Per tutte le zone della pianura alluvionale e per quelle collinari, la realizzazione dei pozzi è autorizzata sulla base delle prescrizioni che sono definite già a livello di Piano Strutturale e che potranno essere dettagliate dal Regolamento Urbanistico.
La porzione di pertinenza fluviale ed i terreni alluvionali permeabili a quelli circostanti le aree che costituiscono un'area di approvvigionamento idrico ad uso potabile pubblico, risultano aree da tutelare per la ricarica degli acquiferi della pianura. L'Amministrazione Comunale potrà prevedere una limitata realizzazione di nuovi punti di emungimento intorno a queste aree sulla base di nuove indagini idrogeologiche, in accordo con l'Ente di gestione dell'Acquedotto. Nelle aree ove sono presenti prese per l'acquedotto pubblico poste in prossimità di contesti urbani e strade di grande circolazione, pertanto dovranno essere attivate adeguate misure di protezione. Inoltre per l'emungimento da punti prossimi agli argini le indagini idrogeologiche dovranno essere integrate da indagini geologico tecniche e geotecniche sugli effetti indotti di cedimento dei terreni e delle opere idrauliche.
Il Regolamento Urbanistico definisce la modalità di realizzazione dei pozzi relativamente all'eventuale connessione od isolamento dei differenti livelli di acquiferi permeabili, ed indicherà le prescrizioni da attuare sia nel caso di autorizzazione di nuovi pozzi, che per l'adeguamento di quelli esistenti.
I corsi d'acqua compresi nell'elenco di cui all'allegato nº 4 della DCR 12/2000 del P.I.T., con la sola eccezione delle parti tombate precedentemente all'entrata in vigore della suddetta normativa regionale, potranno essere interessati da attraversamenti da realizzarsi mediante ponti, tombini stradali o ferroviari, passi carrabili che non potranno comunque ridurre l'area della sezione idraulica preesistente.